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SystemError: initialization of _internal failed without raising an exception

問題の概要

Python環境でTop2Vecなどの特定のパッケージをインポートしようとすると、次のエラーが発生する場合があります:

SystemError: initialization of _internal failed without raising an exception

このエラーは主に以下の状況で発生します:

  • Top2VecなどのNLP関連パッケージのインポート時
  • numbanumpyの互換性問題が背景にある場合が多い
  • パッケージの依存関係に不整合がある環境
  • 特定のPythonバージョンとの非互換性

ユーザーはpip install --upgrade pippip install --upgrade numpyを試みても解決しないと報告しています。

解決方法

以下の解決策を順番に試してください。多くの場合、最初の2つの方法で問題が解決します。

1. カーネル/インタプリタの再起動 (最も簡単な解決策)

最初に試すべき簡易解決法 単純な環境リセットで解決する場合があります:
python
# Jupyter Notebook/Labの場合:
Kernel → Restart Kernel

# VS Code/PyCharmなど:
インタプリタを完全に再起動

理由: キャッシュされた古いモジュールが原因である可能性 適用ケース: AWS Linux環境などで既存バージョン使用時

2. numbaのアップグレード (最も一般的な解決策)

ターミナルで実行:

bash
pip install -U numba

この後にプログラムを再実行:

python
from top2vec import Top2Vec  # 正常にインポートできることを確認

頻出ケース:

  • umapscikit-imageなどのパッケージと競合
  • 特定バージョンで発生する内部エラー
  • 解決しない場合は完全な再インストールを試す:
bash
pip uninstall numba
pip install numba

3. numpyのバージョンを1.23.5に固定

問題が特定のnumpyバージョンで発生する場合:

bash
pip install numpy==1.23.5

適用条件:

  • numpy 1.24.0以上を使用している場合
  • 他の数値計算ライブラリとの依存関係が崩れている場合

4. Pythonバージョンのアップグレード (根本的解決)

Python 3.9以下を使用している場合:

bash
# pyenvを使用する例
pyenv install 3.10.6
pyenv global 3.10.6

# 環境再作成 (venv/anaconda)
python -m venv new_env
source new_env/bin/activate
pip install top2vec

注意: 必ず仮想環境内で実施

予防策とベストプラクティス

  1. 依存関係の明示化

    bash
    pip freeze > requirements.txt  # 環境保存
    pip install -r requirements.txt  # 環境復元
  2. 仮想環境の活用

    bash
    python -m venv top2vec_env
    source top2vec_env/bin/activate
  3. バージョン互換性の確認

    python
    import numba, numpy
    print(numba.__version__)  # 0.56.4以降が望ましい
    print(numpy.__version__)   # 1.23.5が安定版
  4. 段階的インストール

    bash
    pip install numpy==1.23.5
    pip install numba==0.56.4
    pip install top2vec

根本原因

このエラーは主に以下の組み合わせで発生します:

  • numbaの内部キャッシュ機構の不具合
  • numpyの特定バージョンとの非互換性
  • Python 3.9以下の古いランタイム
  • パッケージ間の暗黙的依存関係の競合

上記の解決策で問題が解決しない場合は、Top2Vec公式GitHub Issuesで環境詳細を報告してください。